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1. 개요
4년만의 리그 우승으로 2009 시즌을 앞두고 유니폼도 교체하며 새로운 분위기로 시즌을 맞이하고 싶어했으나, 2005 시즌의 재림이었다. 이정수, 마토 네레틀랴크, 조원희 등의 핵심 선수가 빠진데다 공격력이 예전만 못해 과연 지난 시즌 챔피언이 맞는지 의문이 들 정도의 경기력을 선보이며 결국 정규 리그 10위로 마감했다.[1] 물론, 앞서 말한 핵심 선수의 이적이 2009 시즌 수원의 실패 원인일 수도 있지만 6강에 진입한 다른 팀들보다 선수층이 얇다고 할 수 없기에 팬들은 차범근 감독의 지도력에 의심을 품었다. 그래도 FA컵에서는 결승전에서 성남 일화를 제치고 우승을 차지해, 유종의 미와 더불어 다음 시즌 ACL은 출전할 수 있게 되었다.
2009 시즌 최종 결과는 8승 8무 12패, 득점 29점에 실점 32점으로, 지난 시즌의 25승 8무 7패와 비교하면 무려 15승의 차이가 나며, 특히 지난 시즌의 65득점이 29득점으로 급격하게 추락했다. 공격의 연결고리 역할을 하던 이관우의 장기 부상과 미드필더에서 중심을 잡아주던 조원희의 이적, 이정수와 마토가 빠져버린 수비 라인의 붕괴는 2008년 수원의 우승 비결이던 강한 조직력을 붕괴시킴으로서 끝내 회생하지 못하는 결과로 이어졌다.
2. 팬퍼시픽 챔피언십
LA 갤럭시, 오이타 트리니타, 산둥 루넝이 참가해 토너먼트로 진행했다.
수원은 산둥과의 경기에서 조용태의 결승골로 1-0으로 승리해 결승에 진출했다.
결승에서 LA를 만나 1-1[2]로 비겨 승부차기에서 4-2로 꺾고 우승을 차지하며 리그 개막 전 기분 좋은 출발을 했다.
3. K리그
8승 8무 12패로 10위를 기록했다.3.1. 전반기[3]
| 날짜 | 라운드 | 홈팀 | 득점(H) | 득점(A) | 원정팀 | 결과 |
| 3/7 | 1 | 수원 | 2 | 3 | 포항 | 패 |
| 3/14 | 2 | 대전 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 3/22 | 3 | 수원 | 0 | 1 | 제주 | 패 |
| 4/4 | 4 | 서울 | 0 | 1 | 수원 | 패 |
| 4/12 | 5 | 수원 | 2 | 0 | 부산 | 승 |
| 4/19 | 6 | 인천 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 4/26 | 7 | 수원 | 1 | 4 | 전남 | 패 |
| 5/2 | 8 | 강원 | 1 | 1 | 수원 | 무 |
| 5/10 | 9 | 수원 | 0 | 2 | 광주 | 패 |
| 5/24 | 10 | 경남 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 6/20 | 11 | 수원 | 1 | 0 | 대구 | 승 |
| 6/28 | 12 | 울산 | 3 | 2 | 수원 | 패 |
| 7/4 | 13 | 수원 | 1 | 0 | 성남 | 승 |
| 7/12 | 14 | 전북 | 1 | 1 | 수원 | 무 |
승점 14점 3승 5무 6패
3.2. 후반기[4]
4. FA컵
| 날짜 | 라운드 | 홈팀 | 득점(H) | 득점(A) | 원정팀 |
| 5/13 | 32강전 | 수원 블루윙즈 | 1 | 0 | 노원 험멜 |
| 7/1 | 16강전 | 수원 블루윙즈 | 1 | 0 | 부산 아이파크 |
| 7/15 | 8강전 | 수원 블루윙즈 | 3 | 0 | 전남 드래곤즈 |
| FA컵 4강전 |
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| 10/7(수) 19:30 |
| 수원 블루윙즈 VS 전북 현대 모터스 |
| 3 : 0 |
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전 30분 티아고 후 8분 김두현 후 48분 완호우량(O.G) (수원) |
| FA컵 결승전 | |
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| 11/8(일) 14:00 | |
| 수원 블루윙즈 VS 성남 일화 천마 | |
| 1 : 1 (PSO 4 : 2) | |
| 후 43분 에두(PK) (수원) | 전 27분 라돈치치 (성남) |
5. 컵대회
ACL에 참가해 조별리그를 거치지 않고 토너먼트로 직행했다.8강에서 마찬가지로 토너먼트로 직행한 포항을 만나 1차전 0-3, 2차전 0-1 총합 0-4로 탈락했다.
6. AFC 챔피언스 리그
가시마 앤틀러스, 상하이 선화, 싱가포르 암드 포스와 G조에 편성돼 4승 2패 조 2위로 16강에 진출했으나 16강에서 만난 나고야 그램퍼스에 1-2로 패해 탈락했다.7. 수상
- FA컵 MVP: 이운재
- FA컵 감독상: 차범근
- FA컵 코치상: 이임생
8. 관중 집계
- K리그: 평균 17,946명(최다 35,058명, 최소 10,206명)