미노프스키 입자가 많은 에너지를 얻어 여기된(고에너지 상태에 이른) 것을 메가입자라 부른다.
즉 같은 입자를 에너지가 낮으면 미노프스키 입자, 에너지가 높으면 메가입자라 부르는 것이다. 현실에서도 광자를 에너지 상태에 따라 엑스선(고에너지), 감마선(초고에너지) 등 다른 이름으로 부르는 것과 비슷한 것. 때문에 흔히 미노프스키 입자와 메가입자를 동의어처럼 혼용하곤 한다. 사실 에너지 준위가 크게 다르므로 서로 구별해야 하지만.
우주세기 세계관에서 동력원으로 이용되는 핵융합로(미노프스키-이오네스크 반응로) 안에서는 핵융합 반응 과정에서 미노프스키 입자가 고에너지 메가입자로 변한다. 처음에는 이 메가입자를 융합로 밖으로 배출해 저장했다가 에너지 준위가 떨어지면(축퇴되면) 폐기물로 그냥 우주공간으로 방출하는 방식을 사용했는데, 메가입자 축퇴 과정에서 발생하는 고에너지를 입자의 추진력으로 이용해 입자 빔으로 만들어 쏘면 어떻겠냐는 발상에서 만들어진 무기가 메가입자 발사기, 즉 메가입자포다.
메가입자 축퇴 시 발생하는 에너지는 매우 높기 때문에 메가입자포에서 발사되는 메가입자는 아광속으로 가속되며, 메가입자는 광자가 아니므로 미미하지만 질량을 갖기 때문에, 아광속의 메가빔은 엄청난 파괴력을 가지며 어떤 장갑재로도 완전히 막아낼 수 없다.
모빌슈트에 탑재되는 핵융합로는 대개 1천~2천 킬로와트급 초소형으로, 핵융합에 이용하는 미노프스키 입자의 양이 매우 작기 때문에 발생하는 메가입자의 양도 작다. 때문에 모빌슈트에서 자체 발생하는 메가입자로는 메가입자포를 운용하기 힘들며, 축퇴 직전의 메가입자를 충전해둔 콘덴서인 “에너지 캡”에 외부에서 에너지를 가해 축퇴 역치를 넘기면 메가빔이 발사되는 휴대용 메가입자포( 빔 라이플)를 이용하는 것이 일반적이다. 허나 모빌슈트 중에도 고출력 핵융합로를 탑재한 것들은 메가입자포를 사용하는 것이 가능하며, 핵융합로 출력이 낮은 모빌슈트도 메가입자포를 탑재하는 것이 불가능한 것은 아니다. 다만 빔을 자주 발사할 수 없을 뿐이다.
빔 사벨, 빔 실드 등은 이름에 “빔”이 들어가지만 메가 입자와는 무관하며 미노프스키 입자만을 이용한다. 빔 사벨의 경우 고열을 발하는 무기이며, 그 열은 I필드라는 역장 안에 갇힌 미노프스키 입자끼리 마구 부딛히며 형성하는 고압 고열 플라즈마에서 나온다(미노프스키 핵융합로와 동일한 원리). 빔 실드 역시 I필드에 미노프스키 입자를 가둔 플라즈마 스크린이다.
미노프스키 입자를 메가 입자로 변환시키는데 필요한 에너지 양이 엄청나기 때문에 초기의 빔 병기류는 전함에 탑재하거나 고출력 제너레이터를 장착한 일부 기체만 사용 가능했지만, 지구연방군은 메가 입자가 되기 직전의 고에너지 미노프스키 입자을 압축 보관할 수 있는 E-CAP을 개발하여 소형화에 성공했다.
“M 입자“라는 약칭이나 아광속으로 운동하는 미립자라는 설정, 핵융합과 관련 있다는 설정, 금방 붕괴된다는 특성 등을 볼 때 실존하는 미립자인 μ 입자( 뮤온)에서 모티브를 딴 것으로 추측된다.